所谓生物有机肥、既是利用生物发酵有益菌、采用现代生物有机肥设备发酵和处理畜禽粪便植物秸秆、等有机质为原料经发酵繁殖菌种等方法，利用微生物分解物料中的有机质，并产生50～70°C的高温，杀死病原微生物、寄生虫及其它虫卵和草籽等明显优势及突出特点。具有腐熟后的物料发酵成熟后无臭味，将复杂的有机物降解为易被植物所吸收的简单化合物。
传统的农家肥采用的为自然堆肥法，无需设备和耗能，但占地面积较大、腐熟慢、效率低等是其最大的劣势。反观现代发酵处理法是根据自然堆肥原理，利用发酵棚、发酵翻堆机生物有机肥设备等机械，为微生物活动提供必要条件，可提高效率10倍以上。要求物料含水率60%～70%，碳氮比（25～30):1。发酵过程中要求通风供氧，天冷适当加热，腐熟后物料含水量约为30%左右。为便于贮存和运输，需降低水分至13%左右，并经过粉碎、混合、造粒、烘干、装袋等生产工序及流程因此，发酵设备一般与发酵前物料的预处理设备以及腐熟后干燥、粉碎等设备组合为成套生物有机肥设备。